Pocházel z chudých poměrů, byl synem kováře. Tento papež byl jedním z nejúspěšnějších reformátorů římské církve ve středověku Jako benediktýnský mnich přišel z Cluny a neustále vybízel k reformě církve. Snažil se vymýtit svatokupectví, prosazoval právo a žil mravně. Roku 1074 vyhlásil tvrdé tresty kněžím a biskupům za porušování celibátu. Vedl spor o investituru v boji proti králi Jindřichu IV. a dovedl církev k jejímu největšímu institucionálnímu vítězství (tzv. gregoriánská reforma): k primátu církevního řádu nad politickým. Papežem byl zvolen v kostele sv. Petra v okovech. Císař Jindřich IV. považoval volbu papeže za porušení svých práv a vtrhl se svým vojskem do Říma, papež se opevnil v Andělském hradu. Císař Jindřich jmenoval ravennského arcibiskupa Guiberta (Wiberta) z Parmy novým papežem. Normané, kteří měli území v jižní Itálii, a jejich spojenci Saracéni se střetli s císařským vojskem, dobyli Řím a vyhnali císaře i vzdoropapeže Klementa III. Papeže Řehoře VII. osvobodili. Po sporech s Jindřichem IV. a jím dosazeným vzdoropapežem Klementem III. musel uprchnout z Říma poté, co Normané, kteří mu přišli na pomoc, zpustošili celý Řím. Traduje se, že umíral se slovy: „Miloval jsem spravedlnost, nenáviděl hříšnost, proto umírám ve vyhnanství.“