I když si Johannes Gratianus koupil papežský úřad, nebyla jeho cílem moc. Byl to zbožný a učený kněz, který se těšil všeobecné úctě. Úřad koupil pomocí sebraných peněz od věřících z toho důvodu, aby nastal v církvi klid. Bohužel místo aby nastal klid, vznikly nové nesváry, brzy se proti němu postavili jak sesazený Silvestr III., Tak odstoupivší Benedikt IX, který stále usiloval o moc. Požádal císaře Jindřicha III. o pomoc, který se dostavil do Sutri (cca. 50 km od Říma). Byla svolána synoda (20. 12. 1046), na které proti němu vystoupil i sesazený papež Silvestr III. Ten byl zbaven všech hodností a odsouzen dožít zbytek života v klášteře. I když Řehoř VI. tento střet ustál, byl obviněn ze svatokupectví, protože si úřad papeže koupil za peníze. Biskupové jej vyzvali k abdikaci. Řehoř VI. z vlastní vůle odstoupil v první den synody, tj. 20. 12. 1046 a odešel s císařem do Německa, kde zanedlouho umírá.