Církev (a latinské obyvatelstvo vůbec) tehdy v Dalmácii velice trpěla v důsledku nájezdů Avarů a následně příchodu Slovanů, Jan IV. proto svou vlast podporoval materiálně i morálně. Poslal opata Martina do Dalmácie a Istrie s velkými částkami peněz na vykoupení zajatců. Zajistil přenos ostatků významných dalmátských světců do Říma a usiloval o pokřesťanštění dalmátských Slovanů. Odsoudil také monotheletismus jako herezi.