Císař Heraclius porazil Peršany a v r. 629 donesl ostatky Sv. Kříže do Jeruzaléma, papež ustanovil 14. 9. svátek Povýšení Sv. Kříže. Dal obnovit kostel sv. Anežky Římské – panny a mučednice. Schválil tezi konstantinopolského patriarchy Sergia, že v Kristu působila jen jediná přirozená božskolidská energie a pouze jediná vůle (viz monotheletismus). Tím se Sergiuv teologický systém dopustil stejné chyby jako monofyzitismus, neboť popřel dvě přirozenosti Kristovy. Třetí konstantinopolský koncil (680-81) odsoudil monotheletismus jako blud a dal do klatby i jeho nositele, mezi nimi i papeže Honoria. Papež Lev II. svému předchůdci vytýkal že „plamen heretické nauky neudusil hned v zárodku, ale že jej svou nedbalostí podporoval“. Honorius se do této situace dostal svou malou znalostí řecké teologie a měl při posuzování Sergiových tezí na mysli morální shodu božské a lidské vůle v Kristu. Sporné rozhodnutí Honoria I. se projevilo později v tzv. Honoriově otázce na 1. vatikánském koncilu při jednání o dogamtu o neomylnosti papeže.