Papežem byl zvolen ve 104 letech, pomáhal v době moru, byl velmi štědrý, císař Konstantin Pogonatus svolal 3. cařihradský koncil, který znovu odsoudil monotheletismus (jedna vůle), odsouzený na 2. cařihradském koncilu r. 553. Agaton zemřel ve 107 letech.