Po smrti papeže Antera se konala volba nového římského biskupa. Fabián k ní přišel jako jeden z řady prostých křesťanů, který neměl žádné ambice, ani šanci být zvolen. Podle Eusebia z Caesareje, usedla v průběhu volby na Fabiánově hlavě holubice. To bylo všeobecně přijato jako Boží znamení a Fabián byl neprodleně zvolen papežem. Fabián přitom patří mezi nejvýznamnější papeže v raných dějinách církve. Byl umučen při prvním systematickém pronásledování křesťanů 20. 1. 250. Papež Fabián byl patrně sťat. Je pohřben v Kalixtových katakombách. Jeho původní hrob z řeckým nápisem „FABIANOS EPI, UTR“ (Fabián, biskup a mučedník) nalezl archeolog Giovanni de Rossi v roce 1850.