Za papeže Inocence I. byl z jeho pověření několikrát v Cařihradu, kde plnil svěřené poslání. Vynikal vzdělaností i moudrostí, a proto po smrti papeže Zosima byl přes své námitky zvolen novým papežem. Jeho voliči se sešli v Teodořině chrámu se zástupem lidu, který si nepřál arcijáhna Eulália, usilujícího o papežský stolec. Eulalius, ještě před pohřbením řeckého papeže Zosima, svolal své přívržence do lateránské basiliky, kde se opevnili. Tam provolali Eulalia papežem a nastal rozkol. Císař Honorius nařídil svolání velkého sněmu biskupů, včetně afrických, do Spoleta a Bonifác I. i Eulalius měli do vyřešení sporu zákaz pobytu v Římě. Eulalius ale vtrhl do Říma a obsadil Laterán. Císař Eualia zatkl, a aniž by čekal na rozhodnutí sněmu, za právoplatného papeže uznal Bonifáce I. Bonifác v době pontifikátu bojoval proti pelagianismu. U císaře Honoria si zajistil příslib, že při sporné volbě nedojde k uznání nového papeže a vláda uzná jen jednomyslnou volbu.